Trong hai năm sau khi chồng bà bị ám sát, Aquino đã tham gia trong nhiều cuộc biểu tình được diễn ra. Trong tuần cuối tháng 11 năm 1985, Marcos bất ngờ tuyên bố một cuộc bầu cử sẽ được tổ chức vào tháng 2 năm 1986.[7] Lúc đầu, Nghị sĩ Salvador Laurel từ Batangas, con trai của cựu tổng thống Laurel, được xem là người dẫn đầu trong khối chống đối, dưới Các tổ chức Dân chủ Ái quốc Thống nhất. Tuy nhiên, nhà tài phiệt Joaquin "Chino" Roces không tin chắc rằng Laurel có thể thắng được Marcos. Roces bắt đầu phong trào Vận động Cory Aquino Ứng cử Tổng thống để lấy một triệu chữ ký kêu gọi Aquino ứng cử trong vòng một tuần.

Lúc đầu Aquino không muốn ra ứng cử, mặc dù có nhiều người tin rằng bà là ứng cử viên duy nhất có thể thống nhất các khối chống lại Marcos.[4] Sau mười tiếng đồng hồ ngẫm nghĩ tại một tu viện Công giáo, bà đồng ý ứng cử.[2] Lúc đầu Laurel không chịu theo lời kêu gọi rút lui để nhường chỗ cho Aquino và mời bà ứng cử chức phó tổng thống dưới đảng UNIDO của ông. Trái lại, Aquino chịu rời bỏ đảng của chồng mình là Lakas ng Bayan (LABAN), vừa mới hợp nhất với Partido Demokratiko Pilipino, và ứng cử dưới đảng UNIDO với Laurel là ứng cử viên phó tổng thống.[4] Laurel chịu để Aquino ứng cử tổng thống dưới đảng UNIDO trong khi ông ứng cử liên danh phó tổng thống.

Trong cuộc vận động tranh cử diễn ra sau đó, Marcos cáo buộc rằng Aquino đang được các thế lực cộng sản ủng hộ và đã đồng ý chia sẻ quyền lực với họ, và bà trả lời rằng bà sẽ không bổ nhiệm người nào vào nội các của mình.[8] Marcos cũng cáo buộc Aquino đang chơi trò "bóng đá chính trị" với Hoa Kỳ về sự hiện diện của quân đội Hoa Kỳ tại Philippines ở Căn cứ Không quân Clark và Căn cứ Hải quân Subic.[9] Marcos cũng chế nhạo Aquino "chỉ là một phụ nữ" với địa vị là trong phòng ngủ.[1]

Trong cuộc bầu cử ngày 7 tháng 2 năm 1986, nhiều cử tri đã bị đe dọa và không được cho bầu.[4] Trong ngày bầu cử và những ngày sau đó đã có nhiều bạo lực xảy ra, kể cả cuộc ám sát của một trong những đồng minh chính trị hàng đầu của bà, thống đốc tỉnh Antique Evelio Javier. Trong khi kết quả chính thức của Hội đồng Bầu cử (COMELEC luôn cho thấy Marcos đang dẫn đầu, kết quả không chính thức của Phong trào Quốc gia cho Bầu cử Tự do cho thấy Aquino đang dẫn đầu. Mặc dù 30 nhân viên máy tính của COMELEC đã bỏ việc để lên án sự sắp đặt kết quả có lợi cho Marcos,[4] quốc hội (Batasang Pambansa), dưới sự kiểm soát của những đồng minh của Marcos, đã thông qua kết quả chính thức và tuyên bố Marcos đã thắng cử vào ngày 15 tháng 2 năm 1986.[10] Các Giám mục Công giáo Philippines và Thượng viện Hoa Kỳ đã lên án cuộc bầu cử,[4] và Aquino kêu gọi một cuộc tổng đình công và tẩy chay các doanh nghiệp đang được các đồng minh của Marcos kiểm soát.[11] Bà cũng đã bác bỏ đề nghị chia sẻ quyền lực của nhà ngoại giao Mỹ Philip Habib, được tổng thống Ronald Reagan cử đến để làm bớt căng thẳng.[11]

Lên chức tổng thống

Ngày 22 tháng 2 năm 1986, cuộc Cách mạng Quyền lực Nhân dân tiến hành sau khi hai đồng minh then chốt của Marcos là Bộ trưởng Bộ Quốc phòng Juan Ponce Enrile và Phó Tư lệnh Quân đội Fidel Ramos kêu gọi Marcos từ chức và ẩn náu trong hai căn cứ quân sự tại Quezon.[11] Aquino, đang ở Cebu khi cuộc nổi dậy bắt đầu, trở về Manila và nhất định đòi nhập vào đám đông ngày càng lớn lên bên ngoài hai căn cứ để làm chướng ngại vật để bảo vệ hai người này.[12] Sáng ngày 25 tháng 2, tại Club Filipino ở San Juan, Aquino đọc tuyên thệ nhậm chức tổng thống được chủ trì bởi Thẩm phán Tòa án Tối cao Claudio Teehankee. Marcos cũng tuyên thệ nhậm chức cùng ngày tại Cung điện Malacañang nhưng tối hôm đó đã tẩu thoát đến Hawaii.